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Thermo Scientific Applied?Biosystems 3500 系列 Sanger 測序/片段分析儀采用毛細管電泳技術，支持 8 通道（3500）或 24 通道（3500xL），兼具測序與片段分析功能。高度自動化設計，從樣品加載、儀器校準、運行維護到數據采集均實現智能化控制。平臺支持多種模塊如基因測序、STR 分型、微衛星分析、LOH 及 SNP 驗證，具備易安裝耗材、RFID 追蹤、自動數據導出等功能，為遺傳研究和法醫生物識別提供高通量穩定方案。
3500 系列支持廣泛樣本類型輸入，包括：
基因組 DNA：5–50?ng 推薦輸入量；
cDNA 或質粒 DNA：建議 1–20?ng，用于克隆或表達分析；
PCR 擴增產物：結合熒光標記引物（如 FAM/VIC/NED/PET）定量濃度；
STR 或法醫鑒定樣本：結合 Identifiler、GlobalFiler 等試劑盒；
片段分析產物：應用于 microsatellite、LOH、AFLP、MLPA 分析。
所有樣本須經過定量（如 Qubit/PicoGreen），清除抑制物（蛋白質、鹽殘留），保持濃度在建議范圍內。PCR 產物需進行酶切或純化，確保峰形清晰、信噪比佳。
上機使用預制 96 孔板或小型片段分析片架。建議統一樣本排列、設置陰陽性對照。板布局支持通過 Data Collection 軟件導入預設模板，實現自動識別并追蹤樣品信息。填裝樣本后需貼上條形碼或 RFID 標簽，與虛擬樣本庫對應。
插入板架：輕推到位；
加注模板和緩沖液（含染料泊泊和緩沖液包）；
蓋好板蓋，保持清潔；
關閉運行艙門；
軟件提示確認板號、樣本信息。
系統 8 或 24 通道毛細管陣列預裝 POP-4 聚合物，支持 36?cm 或 50?cm 長。陣列帶 RFID 標簽記錄使用次數（推薦 ≤160 注射次數），每孔注射體積 ≤1.2?μL。更換陣列需重新校準。
在 Data Collection 軟件設置：
注射電壓/時間：如 1.6?kV，5–15?秒；
分離電壓：一般設 15 kV；
Oven 溫度：設定 60?°C 提升峰形穩定；
運行時間：35–60?分鐘，根據片段長度／分辨率；
染色方案：選擇 4–6～染料組別，如 G5-OSR/J6-OSR；
OSR 特殊設定：打開 off?scale recovery（信號飽和可擴展到 65K RFU）提高高濃DNA 檢測率。
需要使用：
陰陽極緩沖液：由緩沖劑盒提供；
POP-4 聚合物：隨機補充以維持填充量；
Condition Reagent：用于陣列預處理；
氫氧化去離子水：用于沖洗和復填。
注入時務必避免氣泡，清理邊緣滴液，定期更換以維持電泳效率。
空間／光譜校準：按安裝 SOP 自動運行；
檢查 CCD 激光系統、熒光穩定性、基線干擾；
軟件自動檢查耗材 RFID、緩沖容量、電力狀態；
QC 通過后，點擊“Start Run”啟動運行。
運行中實時監控：
注射電流（uA）和電壓波動；
溫度曲線；
熒光強度（RFU）；
E?PT 曲線：判斷運行穩定性；
異常報警：信號偏低、高電阻、緩沖量不足等即時提示。
低信號強度：檢查 DNA 濃度／PCR 產物純度；
注射失敗：更換毛細管陣列，檢查漏液或堵塞；
分辨率下降：清理膠體，重新校準；
高背景噪聲：更換緩沖液，確認環保裝置排風；
數據偏差：核查系統校準歷史、軟件升級狀態。
運行完成后軟件自動生成 .ab1 或 .hid 文件。可選擇上傳 Thermo Fisher Connect 平臺，實現遠程監控、郵件通知、云存儲跟蹤。支持 21 CFR Part 11 自動審計、用戶權限控制、E?Signature。
3500：約 96 注射/天 ×8 通道；
3500xL：24 通道，提升3倍通量；
操作時間包括：30?min 準備 + 60?min 運行 + 10?min 后處理 ≈100?min/批；
一天可提升至 10?批以上，約數百樣本輸出。
每次運行后沖洗陣列、涂潤滑劑；
每周更換 POP-4 聚合物、緩沖溶液；
每月執行空間/光譜校準；
每季度更換注射器、屏蔽墊圈；
定期檢查電極、激光器穩定性；
儀器艙保持干凈、干燥，防塵，避免潮氣腐蝕。
制定 SOP，培訓操作員；
樣品編號嚴格統一；
實驗日志記錄，包括試劑批號、耗材周期、運行異常；
鏈接 LIMS 系統，電子數據審計與文件歸檔。
3500/3500xL 系統通過以下優勢實現高效樣品輸入與數據產出：
支持廣泛樣本類型，滿足基因組、片段分析等需求；
自動化流程—從上樣至數據采集全鏈條集成；
靈活方法設置—注射、電壓、溫度、染料組合可調；
高通量與高分辨率并重；
QC 與校準機制完善，確保實驗可靠性；
遠程監控與審計功能，適合規范實驗室管理。
通過規范操作、及時維護及數據管理，系統可持續實現高質量輸出，適用于科研、法醫、臨檢等多種實驗應用。
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